Как PHP программист могу сказать точно - только по кукам. MAC узнать невозможно, IP через TOR меняется. Сразу о том, что "куки чистил" - есть Evercookie (гугли), есть Flash-куки, которые тоже позволяют идентифицировать юзера, но при этом удаляются далеко не так просто, как обычные...